Wanneer Emil met de bus naar Berlijn reist om zijn grootmoeder en neef te bezoeken, wordt zijn geld gestolen door een boef die gespecialiseerd is in het graven van tunnels. Emil moet het geld terug zien te krijgen, want het is voor zijn grootmoeder. Terwijl hij de dief achtervolgt, komt Emil Gustav tegen, een ondernemende jongen die al zijn vrienden verzamelt om Emil te helpen het geld terug te vinden. Emil's neef raakt ook betrokken en ze krijgen meer problemen dan waar ze op gerekend hadden wanneer Emil's zakkenroller samen blijkt te werken met een paar beruchte bankrovers.